依据《取水许可和水资源费征收管理条例》有关规定，单位和个人利用取水工程或者设施直接从江河、湖泊或者地下取用水资源，除本条例第四条规定的情形外，都应当申请领取取水许可证并按规定缴纳水资源费（税）。三家水产品加工企业用水由A企业供应，不属于《取水许可和水资源费征收管理条例》规定的需要申请取水许可的情形，不需要办理取水许可证。根据《取水许可管理办法》第二十八条规定，在取水许可证有效期限内，取水单位或者个人取水量或者取水用途发生改变的（因取水权转让引起的取水量改变的情形除外），应当重新提出取水申请。A企业与水产品加工企业签署协议向相关企业供水，属于取水水量、取水用途发生改变，应当重新提出取水申请，经取水许可批准核发新的取水许可证。同时，根据《城市供水条例》规定，自建设施对外供水的企业，经工商行政管理机关登记注册后，方可从事经营活动。