根据《中华人民共和国行政许可法》第六十九条规定，对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可。因此，对于在取水许可核发流程中，发现水资源论证有重大瑕疵的，取水许可审批机关可以依据职权，撤销项目取水许可申请批复。