对于建设年代久远且缺乏建设依据文件的农村小水电，要综合考虑小水电规划、建设、运行管理情况，不能一刀切地处理核发取水许可证问题。建议联合当地发展改革、生态环境等主管部门进行调查研究或者征求意见后，提出项目保留或退出的处理意见。对认定为保留类且符合补办取水许可证条件的项目，应责令取水单位或个人限期补办取水许可相关手续。