《取水许可和水资源费征收管理条例》第十条规定，申请利用多种水源，且各种水源的取水许可审批机关不同的，应当向其中最高一级审批机关提出申请。按照当前国家“放管服”改革的要求，为方便企业群众办事，应向该自来水公司核发一个取水许可证，并在取水许可证中明确该自来水公司的多个水源。具体可咨询当地省级水行政主管部门。