应当追缴。按照《中华人民共和国水法》第四十八条规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。水资源费是取水单位或个人因为其使用国家所有的水资源而向国家缴纳的补偿性费用，因此，取水单位或个人未取得取水许可使用水井取水，也应当依法缴纳水资源费。对于未经批准擅自取水，依据《中华人民共和国水法》第六十九条进行行政处罚，是水行政主管部门对违反水资源管理秩序的行为依法予以惩戒，两者不能互相替代。