根据《中华人民共和国水法》和《取水许可和水资源费征收管理条例》有关规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。该企业的行为属于未经批准擅自取水，应当按照《中华人民共和国水法》第六十九条规定，予以行政处罚。根据财政部、国家发展改革委、水利部联合印发的《水资源费征收使用管理办法》，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，除按《取水许可和水资源费征收管理条例》第四条规定不需要申领取水许可证的情形外，均应按照本办法规定缴纳水资源费。水资源费是当事人因为使用公有资源而向国家缴纳的补偿性费用；罚款是当事人因其违法行为而向国家缴纳的惩罚性费用，两者不存在替代关系。申请领取取水许可证和缴纳水资源费是两个并列义务，不能因为未履行申领取水许可证使用水资源，而免除该企业缴纳水资源费的法律义务。